Akar permasalahan pengeboman ini bermula pada pada 31 Agustus 1957 saat berdirinya negara Persemakmuran Malaya. Saat itu, negara Malaysia berpeluang untuk memperluas wilayahnya karena pada saat bersamaan, Singapura ingin bergabung dalam persemakmuran, namun ditolak oleh Inggris.
Kemudian pada 16 September 1963 dibentuk federasi baru bernama Malaysia yang merupakan negara gabungan Singapura, Kalimantan Utara (Sabah), dan Sarawak.
Kesultanan Brunei kendatipun ingin bergabung dengan Malaysia, namun tekanan oposisi yang kuat lalu menarik diri. Alasan utama penarikan diri adalah Brunei merasa memiliki banyak sumber minyak, yang nanti akan jatuh ke pemerintahan pusat (Malaysia).
Indonesia di bawah kepemimpinan Presiden Soekarno sejak semula menentang keinginan Federasi Malaya yang tidak sesuai dengan perjanjian Manila Accord.
Presiden Soekarno menganggap pembentukan Federasi Malaysia sebagai 'boneka Inggris' merupakan kolonialisme dan imperialisme dalam bentuk baru serta dukungan terhadap berbagai gangguan keamanan dalam negeri dan pemberontakan di Indonesia.
Maka dibentuklah sukarelawan untuk dikirim ke negara itu setelah pengomandoan Dwikora oleh Presiden Soekarno pada tanggal 3 Mei 1964 di Jakarta.
Editor : Mahfud